中國(guó)農(nóng)業(yè)院煙草研究所成立于1958年，是科學(xué)規(guī)劃委員會(huì)批準(zhǔn)、籌建的國(guó)家農(nóng)業(yè)專業(yè)研究機(jī)構(gòu)。1959年4月經(jīng)山東省人民委員會(huì)批準(zhǔn)，正式增名“山東省煙草研究所"。1987年經(jīng)國(guó)家科委、勞動(dòng)人事部批準(zhǔn)，增掛“中國(guó)煙草總公司青州煙草研究所"牌子，實(shí)行以中國(guó)農(nóng)業(yè)院為主的三重體制，是中國(guó)的煙草農(nóng)業(yè)科研事業(yè)單位。

中國(guó)農(nóng)業(yè)院煙草研究所承擔(dān)中國(guó)煙草農(nóng)業(yè)科學(xué)技術(shù)發(fā)展、組織中國(guó)農(nóng)業(yè)科研協(xié)作、培養(yǎng)高層次農(nóng)業(yè)科研人才的任務(wù)，設(shè)置了煙草遺傳育種、煙草功能基因組、煙草栽培與調(diào)制、煙草質(zhì)量安全風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、煙草功能成分與綜合利用、煙草病蟲害防控6個(gè)研究方向

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